La spécialité Sciences du Végétal propose aux étudiants trois parcours, l’un vers la recherche et les deux autres à orientation professionnalisée.
     Le parcours recherche a pour objectif de former des jeunes chercheurs dans le domaine de la biologie des végétaux marins ou terrestres. Les approches de biochimie, de biologie moléculaire et de génétique seront utilisées pour étudier le fonctionnement des végétaux, particulièrement leur nutrition, leur développement et leur capacité d’adaptation à des contraintes biotiques et abiotiques. Cette formation associe une connaissance approfondie de la physiologie des végétaux à l’apprentissage des méthodologies modernes d’analyse. Les étudiants sont formés à l’utilisation des concepts, des stratégies expérimentales et des outils méthodologiques qui sont mis en œuvre pour la compréhension des mécanismes du fonctionnement des plantes. L’enseignement associe les approches réductionnistes nécessaires à l’étude des mécanismes et une réflexion sur le fonctionnement intégré de l’organisme. Cette filière recherche forme des étudiants aptes à postuler dans les Ecoles doctorales de rattachement ouvrant à des emplois dans les organismes de recherche publique (CNRS, INRA, CIRAD, IRD,..), dans l’enseignement supérieur, mais aussi dans des firmes privées concernées par l’agrochimie, la production de variétés et de semences et, plus largement, la recherche et développement dans le secteur végétal.

Les parcours professionnalisés de la spécialité s'appuient sur l'expérience acquise au sein du DESS "Technologies Appliquées aux Organes Végétaux" créé en 1991. Ils ont pour but essentiel de former des cadres dans les secteurs suivants : agro-alimentaire, biotechnologies destinées à l'horticulture et à la pharmacie, production et utilisation des semences, conservation des produits alimentaires et horticoles, utilisation et transformation des constituants végétaux. L'évolution et les mutations que connaissent les secteurs d'activité auxquels s'adresse la spécialité Sciences du Végétal nécessitent la formation de jeunes cadres ayant une bonne connaissance des problèmes rencontrés par les entreprises et aptes à valoriser les technologies novatrices. Cette formation bénéficie d'un important réseau de laboratoires, de centres techniques et d'entreprises et de la participation des professionnels à l'enseignement dispensé. En plus des enseignements spécialisés du domaine végétal, les étudiants peuvent suivre une UE "Gestion et Marketing" commune aux filières professionnelles de la mention.
Ils ont aussi la possibilité de suivre des enseignements de la filière "Qualité et Sécurité des Aliments" de la spécialité "Nutrition" du Master. Les étudiants formés peuvent postuler à des fonctions d'ingénieurs d'études dans les grands organismes publics de recherche ou d'ingénieurs "Recherche et Développement", "Qualité", "Conseil" ou "Marketing" dans des organismes interprofessionnels, des centres techniques, des chambres de commerce et d'industrie, des sociétés semencières ou horticoles, des industries agro-alimentaires et toutes les industries faisant appel aux produits végétaux.